Fonction publique : ce qui change pour les arrêts de travail et le temps partiel thérapeutique

Les agents publics voient leurs droits en matière de santé au travail évoluer. De nouvelles dispositions encadrent désormais le temps partiel pour raison thérapeutique et les arrêts de travail dans la fonction publique. Ces changements, échelonnés au cours de l’année 2026, rapprochent le régime des agents publics de celui des salariés du secteur privé. Voici ce qu’il faut retenir et surtout ce que cela implique concrètement pour votre situation.

Un alignement progressif sur le secteur privé

L’objectif de ces évolutions est d’harmoniser les règles applicables aux fonctionnaires et aux agents contractuels avec celles qui régissent déjà les salariés du privé. Concrètement, plusieurs mesures relatives à la gestion des congés maladie et à la reprise progressive d’activité ont été transposées à l’ensemble des trois versants de la fonction publique.

Cette convergence répond à une logique d’équité : quel que soit le statut professionnel, les modalités de prise en charge d’un problème de santé tendent à se ressembler. Pour les agents concernés, il devient donc essentiel de connaître le calendrier d’application et les nouvelles obligations qui en découlent.

Le temps partiel thérapeutique : une procédure revue

Le temps partiel pour raison thérapeutique permet à un agent de reprendre son activité de façon progressive après un problème de santé, ou de continuer à travailler tout en suivant un traitement. Depuis le 1er août 2026, la procédure pour en bénéficier a été modifiée.

Ce qui ne change pas

Rassurez-vous, l’essentiel du dispositif reste identique. Restent inchangés :

les conditions médicales ouvrant droit au dispositif ;

les possibilités de renouvellement de l’autorisation ;

les quotités de travail possibles, comprises entre 50 % et 90 % d’un temps plein ;

les règles de rémunération associées.

Dans quels cas peut-on en bénéficier ?

Vous pouvez être autorisé à exercer à temps partiel pour raison thérapeutique lorsque cette reprise aménagée favorise l’amélioration de votre état de santé, ou lorsqu’elle vous permet de suivre une rééducation ou une réadaptation professionnelle pour retrouver un emploi compatible avec votre situation. Ce dispositif constitue un véritable outil de maintien dans l’emploi, particulièrement utile après une longue absence.

Les arrêts de travail : de nouvelles modalités dès septembre 2026

À compter du 1er septembre 2026, les arrêts de travail pour raison de santé dans la fonction publique répondent à de nouvelles modalités. Là encore, il s’agit d’une transposition de mesures récemment instaurées pour les salariés du privé.

Ces évolutions concernent la manière dont les arrêts maladie sont déclarés, transmis et suivis. L’enjeu pour l’administration est double : fluidifier la gestion administrative des absences et renforcer le suivi médical des agents. Pour vous, cela signifie qu’il convient d’être particulièrement attentif au respect des délais et des formalités de transmission de vos justificatifs.

Quelles conséquences concrètes pour les agents ?

Au-delà des aspects juridiques, ces changements ont des répercussions pratiques sur le quotidien des agents publics. Voici les points de vigilance à retenir :

Anticiper vos démarches : que ce soit pour un temps partiel thérapeutique ou un arrêt maladie, informez-vous en amont sur la nouvelle procédure applicable à votre situation.

Conserver vos justificatifs : un dossier complet et transmis dans les délais évite les retards de traitement et les éventuels problèmes de rémunération.

Dialoguer avec votre médecin : le professionnel de santé joue un rôle central dans l’évaluation de votre aptitude et dans la recommandation d’une reprise progressive.

Se rapprocher de son service RH : chaque administration peut préciser les modalités concrètes de mise en œuvre au sein de sa structure.

Pourquoi ces changements sont-ils importants ?

La question de la santé au travail est devenue centrale dans la fonction publique, où les problématiques d’absentéisme et de maintien dans l’emploi après une maladie prennent une place croissante. En facilitant une reprise progressive et en clarifiant les règles des arrêts, ces mesures visent à mieux accompagner les agents fragilisés par un problème de santé, tout en préservant la continuité du service public.

Pour l’agent concerné, un temps partiel thérapeutique bien encadré peut faire toute la différence entre une reprise réussie et une rechute. C’est pourquoi il est essentiel de bien comprendre ses droits et les nouvelles étapes à respecter.

En résumé

Les évolutions de 2026 marquent une étape supplémentaire dans le rapprochement des droits des agents publics et des salariés du privé. Le temps partiel pour raison thérapeutique voit sa procédure ajustée depuis le 1er août, tandis que les arrêts de travail obéissent à de nouvelles modalités depuis le 1er septembre. Si les conditions médicales et les grands principes restent stables, la vigilance sur les formalités administratives devient plus que jamais nécessaire. En cas de doute, n’hésitez pas à solliciter votre service des ressources humaines et votre médecin pour sécuriser vos démarches.